Alifakılı köyü ,  kuruluş tarihi tam olarak bilinmemekle beraber XV. Yüzyılda Yozgat ve komşu yörelere yerleşen ve Bozok adıyla anılan Kızılkocalılar Oymağından olduğu söylenmektedir.Köyün önceden yerleşim alanı olduğunu kanıtlayan bulgular vardır. Bunlardan en somutu örneği bir kazı sonucu köyümüz halkından Şakir MAHİR’ in tarlasında çıkan bir kraliçeye ait olduğu belirlenen tabut şeklindeki mermer mezardır. Bu eser Yozgat  müzesinde sergilenmektedir. Ayrıca köyün iki tarafında çok sayıda eski mezarlık vardır. Köyün bir mevkisinin adına da halen Gavur Maşadı (Mezarlığı ) denilmektedir.

      Alifakılı köyü Yozgat ili şefaatli ilçesine bağlı şu an 25 hanede ikamet edilmekte olup, aşağı uç, yukarı uç ve öteaçe (karşı  mahalle) olmak üzere üç mahalleden oluşur. Köyde Mörükler,Callıklar , Hıdırlılar,Samıklar ve  Koroğlanlar olmak üzere beş soy birliği vardır. Köyden  asfalt  yolarla Şefaatli ve Yerköy’e  kolay bir şekilde ulaşım sağlanmaktadır . Köyde 1960 yılında eğitim  ve öğretime açılmış   bir ilköğretim okulu var fakat öğrenci sayısı 10’dan  az olduğu için Şefaatli merkezinde taşımalı eğitim yapmaktadırlar.Köyümüzde eğitim öğretimin temelini atan eğitimin önemini köy halkına benimseten , halen köylümüz halkınca  minnet ve şükranla anılan Palu'lu Kazım KIRIKKAYA öğretmenimize teşekkür eder saygılarımızı sunarız.

      Alifakılı köyünün nüfusu şu an  60 kişidir. Köy dışa göç veren bir konumda olduğu için sürekli nüfus kaybetmiştir. Ancak yaz aylarında köy dışında ikamet eden köylülerimiz ve okuyan öğrencilerinde gelmesiyle nispeten nüfus artar. Köy ekonomisi tamamıyla tarıma bağlıdır.Hayvancılıkta 2008 yılı itibarı ile hemen hemen sona ermiştir.Bahçelerin tamamı batık vaziyette bağlar ise yok olmaya yüz tutmuştur .  2008 yılı itibarı ile buğday dışında hiçbir ürün yetiştirilmemektedir. Birkaç bahçe dışında meyve ve sebze üretimi yapmamaktadır.